Στην Ελλάδα υπάρχουν δεκάδες φυσικές και τεχνητές λίμνες καθώς και πολλές λιμνοθάλασσες. Οι περισσότερες λίμνες περιέχουν γλυκό νερό και έχουν σχηματιστεί, κυρίως, μακριά από τις ακτές της θάλασσας ως αποτέλεσμα τεκτονικών ή ηφαιστειακών δυνάμεων ή από την τήξη των παγετώνων.
Οι λιμνοθάλασσες, που είναι αβαθείς παράκτιες υδατοσυλλογές οι οποίες επικοινωνούν με τη θάλασσα μέσω ενός μικρότερου ή μεγαλύτερου ανοίγματος, μπορεί να μετατραπούν σε λίμνες γλυκού νερού, όταν για κάποιο λόγο διακοπεί η εισροή αλμυρού νερού από τη θάλασσα και παρουσιαστεί ικανοποιητική εισροή γλυκού νερού από ρέουσες υδατοσυλλογές.
Υπάρχουν και λίμνες με αλμυρό ή υφάλμυρο νερό, όταν το υπόστρωμά τους περιέχει πολλά διαλυτά άλατα ή όταν δέχονται εισροές αλμυρού νερού.
Οι τεχνητές λίμνες, που δημιουργήθηκαν από την κατασκευή φραγμάτων σε ρυάκια, χείμαρρους ή ποτάμια ώστε να αποταμιεύουν το νερό τους για ποικίλους σκοπούς (άρδευση, γεωργία, ύδρευση κ.λπ.), είναι η σπουδαιότερη κατηγορία τεχνητών υγρότοπων στην Ελλάδα. Καλύπτουν σημαντική έκταση και έχουν συμβάλλει στη δημιουργία σημαντικών οικοσυστημάτων στο ελληνικό υγροτοπικό κεφάλαιο.
Η Ελλάδα διαθέτει διεθνούς σημασίας προστατευόμενους υγρότοπους που περιλαμβάνονται στη διεθνή σύμβαση της Ramsar (1971), η οποία έχει υπογραφεί από τη χώρα μας και έχει κυρωθεί με το Ν.Δ. 191/74. Είναι οι εξής 10:
- Αμβρακικός Κόλπος: Αιτωλοακαρνανία, Πρέβεζα, Άρτα
- Δέλτα Αξιού – Λουδία –Αλιάκμονα: Θεσσαλονίκη, Ημαθία, Πιερία
- Δέλτα Έβρου: Έβρος
- Λιμνοθάλασσα Κοτυχίου: Ηλεία
- Λίμνη Μικρή Πρέσπα: Φλώρινα
- Λίμνη Βιστωνίς, Πόρτο Λάγος, Λίμνη Ισμαρίς (Μητρικού) και λιμνοθάλασσες Μέσης: Ροδόπη, Ξάνθη
- Λίμνες Κορώνεια και Βόλβη: Θεσσαλονίκη
- Λιμνοθάλασσα Μεσολογγίου: Αιτωλοακαρνανία
- Δέλτα Νέστου και παρακείμενες λιμνοθάλασσες: Ξάνθη
- Λίμνη Κερκίνη: Σέρρες
Λίμνες της Ελλάδας – Lakes in Greece
- ΑΙΤΩΛΟΑΚΑΡΝΑΝΙΑΣ – Λιμνοθάλασσα Μεσολογγίου, Λίμνη Αμβρακία, Λίμνη Βουλκανία, Λίμνη Καστρακίου, Λίμνη Τριχωνίδα
- ΑΡΤΑΣ – Λίμνη Πουρναρίου
- ΑΤΤΙΚΗΣ – Λίμνη του Μαραθώνα
- ΒΟΙΩΤΙΑΣ – Λίμνη Κωπαΐδα
- ΕΥΡΥΤΑΝΙΑΣ – Λίμνη Κρεμαστών, Λίμνη Στεφανιάδα
- ΗΛΕΙΑΣ – Λιμνοθάλασσα Κοτυχίου-Δάσος Στροφυλιάς
- ΗΡΑΚΛΕΙΟΥ- Λίμνη Ζαρού
- ΘΕΣΠΡΩΤΙΑΣ – Λίμνη Καλοδικίου
- ΘΕΣΣΑΛΟΝΙΚΗΣ – Λίμνη Βόλβη
- ΙΩΑΝΝΙΝΩΝ – Η Δρακόλιμνη της Μόσιας, Η Δρακόλιμνη της Τύμφης, Η Δρακόλιμνη του Σμόλικα, Λίμνη Παμβώτιδα, Οι Δρακόλιμνες Λάκκου ή Αρβανίτα, Οι Δρακόλιμνες της Φλέγγας
- ΚΑΡΔΙΤΣΑΣ – Λίμνη Πλαστήρα
- ΚΑΣΤΟΡΙΑΣ – Η Δρακόλιμνη, Γκίστοβα, Η Δρακόλιμνη των Αρένων, Λίμνη Καστοριάς
- ΚΕΡΚΥΡΑΣ – Λιμνοθάλασσα Αντινιότη, Λιμνοθάλασσα Κορισσιών, Λιμνοθάλασσα Χαλικιόπουλου
- ΚΙΛΚΙΣ – Δοϊράνη, Λίμνη Μεταλλείου, Πικρολίμνη, Σμαραγδένια Λίμνη
- ΚΟΡΙΝΘΙΑΣ – Λίμνη Δόξα, Λίμνη Στυμφαλία
- ΜΑΓΝΗΣΙΑΣ – Λίμνη Στροφυλιά Σκιάθου
- ΞΑΝΘΗΣ – Λίμνη Βιστωνίδα, Πόρτο Λάγος-Λίμνη Βιστωνίδα
- ΡΟΔΟΠΗΣ – Λίμνη Ισμαρίδα
- ΣΕΡΡΩΝ – Λίμνη Κερκίνη, Λίμνη Κερκίνη
- ΤΡΙΚΑΛΩΝ – Η Δρακόλιμνη Βερλίγκα ή Βρίγγα, Οι Δρακόλιμνες της Φλέγγας
- ΦΛΩΡΙΝΑΣ – Λίμνη Βεγορίτιδας, Λίμνη Πετρών, Λίμνη Χειμαδίτιδα και Λίμνη Ζάζαρη, Μικρή και Μεγάλη Πρέσπα
- ΦΩΚΙΔΑΣ – Λίμνη Μόρνου
- ΧΑΝΙΩΝ – Λίμνη Κουρνά